ชั้นที่ 1 ด้านหน้าจะมีการแสดงโครงกระดูกวาฬแกลบ ( Balaenoptera edeni) ที่ตายในเขตน่านน้ำไทย ด้านในจะเป็นตู้ปลา และสิ่งมีชีวิตที่อยู่ในทะเลในเขตน่านน้ำไทย โดยแต่ละตู้จัดสภาพแวดล้อมให้ใกล้เคียงกับธรรมชาติมากที่สุด มีชื่อสามัญและชื่อทางวิทยาศาสต์บอกไว้ที่หน้าตู้
มีการแสดงสัตว์อาศัยบริเวณชายฝั่งที่มีปรากฏการณ์น้ำขึ้น น้ำลง ปลาในแนวปะการังซึ่งอาศัยอยู่อย่างเกื้อกูลกัน เช่น ปลาการ์ตูนกับดอกไม้ทะเล เป็นต้น ต่อมาจึงเป็นส่วนของสัตว์ทะเลที่ไม่มีกระดูกสันหลัง ปลาเศรษฐกิจ ปลาที่มีพิษ มีการเลี้ยงปลาขนาดใหญ่ในตู้กระจกขนาดใหญ่
ชั้นที่ 2 จะเป็นส่วนของพิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์ทางทะเล ช่วงแรกเป็นการแสดงนิทรรศการถาวรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เกี่ยวกับพระราชกรณีกิจทางด้านการฟื้นฟู อนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ และด้านวิทยาศาสตร์การประมง ต่อมาเป็นการแสดงถึงเรื่องราวของอาณาจักรของสิ่งมีชีวิตในทะเล เช่น แพลงก์ตอน, ฟองน้ำ, หมึก เป็นต้น ต่อมาจึงเป็นส่วนของนิเวศวิทยาทางทะเลและสัตว์ทะเลที่มีความผูกพันเกี่ยวข้องกับวิถีชีวิตของคนไทย มีการจัดแสดงเครื่องมือที่ใช้ใมนการประมงและเรือประมง เป็นต้น และพิพิธภัณฑ์เปลือกหอย
1. ประสบการณ์ตรงและมีความมุ่งหมาย ( Direct Purposeful Experience ) สาระที่นำเสนอ คือ ได้เห็นและได้ เรียนรู้ ถึงพฤติกรรมและความเป็นอยู่ของสัตว์ทะเลและปะการังชนิดต่างๆ ที่ยังมีชีวิตอยู่เคลื่อนไหวอยู่ในน้ำอย่างใกล้ชิด
2. ประสบการณ์จำลอง ( Contrived Simulation Experience ) สาระที่นำเสนอ คือ มีหุ่นจำลองและซากของสัตว์ทะเลที่ถูกสตารฟไว้อยู่มากมาย อย่างแรกที่เข้าไปในสถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเล แล้วต้องพบเห็น คือ โครงกระดูกของวาฬ เมื่อเข้าไปด้านในแล้วก็จะพบกับ หุ่นจำลองสถานการณ์ที่พบเห็นจากการดำเนินชีวิตของชาวบ้านตามชายฝั่งทะเล อย่างเช่น การเลี้ยงหอย หรือระบบนิเวศอย่าง ป่าชายเลน และก็ยังมีอุโมงค์และตู้ปลาขนาดใหญ่ที่จำลองให้เสมือนว่าเราอยู่ใต้ท้องทะเล
3. การศึกษานอกสถานที่ ( Field Trip ) สาระที่นำเสนอ คือ การเรียนการสอนในครั้งนี้เราได้ไปศึกษานอกสถานที่ คือ สถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเล มหาวิทยาลัยบูรพา จ.ชลบุรี
4. นิทรรศการ ( Exhibition ) สาระที่นำเสนอ คือ มีการจัดแสดงนิทรรศการเป็นช่วงๆ ตลอดทางเดิน เช่น ดินแดนมอลลัสก์ ให้ความรู้เกี่ยวกับหอย นิทรรศการเกี่ยวกับระบบนิเวศ เป็นต้น
5. ภาพยนตร์และโทรทัศน์ ( Motion Picture and Television ) สาระที่นำเสนอ คือ มีการ์ตูนที่อธิบายและให้ความรู้ในเรื่องของดินแดนมอลลัสก์
6. การบันทึกเสียง วิทยุ และภาพนิ่ง ( Recording, Radio and Picture) สาระที่นำเสนอ คือ มีภาพสัตว์และพืชอยู่มากทั่วทั้งสถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเล
7. ทัศนสัญลักษณ์ ( Visual Symbol ) สาระที่นำเสนอ คือ มีการนำเสนอข้อมูลต่างๆ ในรูปแบบของแผนภูมิ แผนภาพต้นไม้ เป็นการทำเรื่องอธิบายยากให้เข้าใจง่ายขึ้น ใช้การ์ตูนที่ดึงดูดความสนใจจากเด็กๆได้เป็นอย่างมากมาช่วยอธิบายในเรื่องของดินแดนมอลลัสก์ แผนผังของสถาบัน และยังมีแผนที่ ที่ใช้แสดงแหล่งโบราณคดีใต้น้ำในประเทศไทยอีกด้วย
8. วจนสัญลักษณ์ ( Verbal Symbol ) สาระที่นำเสนอ คือ ป้ายที่บอกข้อมูลและรายละเอียดของสัตว์และปะการังชนิดต่างๆ ที่อยู่ในสถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเล
